As alterações que o E3 sofreu em relação ao E2M são bastante marcantes. O carro passou a ser 60 kg mais leve e a distância entre eixos ficou menor, a mínima permitida pela regra, o que proporcionou melhores respostas em curvas.

Além disso, o sistema de suspensão utilizado passou a ser o de pull-rods, ao invés de push-rods, o que junto com uma maior inclinação do assento do piloto, reduziu a altura do centro de gravidade do carro, garantindo maior estabilidade. O sistema de arrefecimento também foi alterado, sendo que o radiador super-dimensionado do veículo anterior foi substituído por dois radiadores menores.

Dentre as inovações tecnológicas do E3, valem ser ressaltadas o novo sistema de troca de marchas eletro-pneumático, com possibilidade de mudanças automáticas para a Prova de Aceleração, e o cilindro mestre integrado, composto pelo próprio cilindro, pelo reservatório de fluido e pelos pedais, construído em peça única.